In un pianeta simile alla Terra, Boazan, vivono degli umanoidi altrettanto simili ai terrestri, con l'unica differenza di avere le corna. Secondo le leggi dei Boazani, chi non possiede le corna può venire usato come schiavo. Sul pianeta Boazan si sta decidendo il successore dell'imperatore: l'erede è troppo debole, restano perciò il figlio del fratello minore dell'imperatore, Kentarus, e il figlio della cortigiana preferita dell'imperatore, Zambazir. Zambazir scopre che il dott. Kentarus, sebbene nipote dell'imperatore, ha in realtà corna artificiali e dunque lo fa imprigionare. L'imperatore Zambazir, dopo la nomina, inizia una politica di invasione di altri pianeti, Terra inclusa. Kentarus invece fugge da Boazan. Raggiunta la Terra, costruisce la base di Big Falcon e il robot gigante Vultus 5.

L'astronauta Niko Breckenridge e il suo equipaggio devono affrontare un terribile pericolo mentre sono in missione per esplorare la genesi di un manufatto alieno.

L'astronave della Federazione USS Voyager, comandata dal capitano Kathryn Janeway, viene inviata in missione alla cattura di un gruppo di Maquis, ribelli di confine che lottano contro i Cardassiani e non riconoscono i trattati di pace stipulati tra questi e la Federazione. Durante la missione, la Voyager viene trasportata nel Quadrante Delta della Galassia, a più di 70.000 anni luce dalla Terra dal Custode, un'entità aliena che muore prima di poter rimandare la nave indietro; per sopravvivere, i due equipaggi, dei Maquis e della Flotta, che hanno subito gravi perdite, devono unirsi per affrontare il viaggio che si stima possa durare anche più di 70 anni.

Master Chief John-117 guida la sua squadra di Spartan contro la minaccia aliena nota come Covenant. Sulla scia di un evento scioccante su un pianeta desolato, John non riesce a liberarsi della sensazione che la sua guerra stia per cambiare e rischia tutto per dimostrare ciò che nessun altro crederà: che i Covenant si stanno preparando ad attaccare la più grande roccaforte dell'umanità. Con la galassia sull'orlo del baratro, John intraprende un viaggio per trovare la chiave della salvezza dell'umanità, o della sua estinzione: l'Halo