Il 9 settembre 1999 John Koenig assume il comando della base lunare Alpha, con il compito di approntare una spedizione esplorativa sul pianeta Meta, di recente scoperta. Nel frattempo incidenti e decessi inspiegabili colpiscono gli addetti a un deposito di scorie nucleari nonché gli astronauti candidati. Ben presto, si rileva un repentino aumento del campo magnetico generato dalle stesse scorie. Nonostante il tentativo disperato di evacuare i depositi, il 13 settembre si innesca un'esplosione di incredibile violenza, tale da provocare l'uscita della Luna dall'orbita terrestre. Inizia per gli sventurati l'odissea per il cosmo, venendo in contatto con civiltà aliene (ora ostili, ora amichevoli) e forme di vita insolite, che li inducono a una riflessione filosofica sul senso ultimo della vita.

Taken racconta la storia, che si svolge nell'arco di cinque decenni e quattro generazioni, di tre famiglie, i Keys, i Crawford, ed i Clarke. Il veterano della seconda guerra mondiale Russel Keys è perseguitato da incubi sul rapimento subito da parte degli alieni durante la guerra; l'incidente di Roswell trasforma Owen Crawford da un ambizioso capitano dell'aeronautica in un malvagio cospiratore del governo ombra; Sally Clarke, insoddisfatta del suo matrimonio, viene messa incinta da un visitatore alieno. Con il passare dei decenni, gli eredi di ciascuna famiglia sono coinvolti nelle macchinazioni degli alieni...

Eureka è una città segreta abitata dalle migliori menti degli Stati Uniti, fondata nel 1947 per volontà di Albert Einstein e controllata dal Dipartimento della Difesa. Il Marshal Jack Carter, in viaggio per riportare a Los Angeles una fuggitiva minorenne che si rivelerà essere sua figlia Zoe, è costretto a sostare ad Eureka a causa di un guasto alla macchina e sostituisce temporaneamente lo sceriffo locale, Cobb, rimasto infortunato nel corso di un'indagine. Risolta l'indagine, Carter torna a Los Angeles, ma scopre di essere stato promosso a sceriffo di Eureka dietro segnalazione dello stesso Cobb, che in seguito all'incidente ha dovuto ritirarsi. Carter si trasferisce perciò ad Eureka assieme a Zoe.

Dopo più di quarant'anni di onorato servizio, la nave stellare Galactica sta per essere messa a riposo e trasformata in un museo. La cerimonia commemorativa, prima dello smantellamento, è affidata al suo comandante, William Adamo e sono attesi numerosi ospiti, tra cui il sottosegretario all'istruzione delle Dodici Colonie di Kobol, Laura Roslin, e il figlio del comandante, Lee Adamo. A poche ore dalla cerimonia i militari della Galactica sono costretti a tornare in servizio attivo quando i Cyloni attaccano improvvisamente con armi nucleari le Dodici Colonie, sterminandone la popolazione.