Lost Planet è ambientato in un ipotetico e lontano futuro, dove la razza umana si vede costretta ad abbandonare il pianeta Terra per andare alla ricerca di nuovi pianeti da poter colonizzare. Una di queste colonie è E.D.N. III, un pianeta caratterizzato da estreme condizioni climatiche, permanentemente coperto da ghiaccio e neve. Tutto sembra andare per il meglio quando, ad un tratto, sorge un problema: il pianeta si scopre essere popolato da creature aliene, con sembianze simili agli insetti terrestri ma dal carattere decisamente ostile. Questi esseri vengono ribattezzati Akrid.